目前消化内科证实了聚合酶链反应技术检测肠活检组织中结核杆菌DNA，是鉴别肠结核与克罗恩病的一种十分有价值的新方法。

克罗恩病是一种原因不明的肠道慢性肉芽肿性疾病，其与肠结核在临床表现、结肠镜下所见及病理改变等方面均有许多相似之处。因此，两者的鉴别诊断十分困难，是临床上的一大难题。

文献报道两者相互误诊率高达65%，目前尚缺乏理想的鉴别方法。以往不少学者从临床表现、内镜所见及病理特点等方面提出了许多鉴别指标，但临床运用中均显示出较大局限性。

显然，（zui）佳的鉴别方法是从肠组织中找到结核杆菌，然而传统的抗酸杆菌染色及结核杆菌培养都因其敏感性、特异性及检测速度等方面的问题而远远不能满足临床需要。

39例肠结核和30例克罗恩病的研究发现，该方法的敏感性为64.1%，特异性为100%，准确性为9.9%，阳性和阴性预测值分别是100%和 68.2%，表明该方法是鉴别肠结核与克罗恩病极有价值的一种新方法。为防止PCR技术可能出现的假阳性和假阴性，他们采取了严格“无菌操作”、提高引物的特异性、设立阳性及阴性对照、重复实验等许多措施。