贲门失弛缓症的确切病因及发病机制仍不明确其基本缺陷是神经肌肉异常。

贲门失弛缓症病的病理所见为食管体部及食管下括约肌均有不同程度的肌肉神经丛病变存在 Auerbach丛内单核细胞浸润到整个神经节细胞为纤维组织所替代迷走神经有Wallerian变性，背运动核内丧失神经细胞体。

食管平滑肌在光镜下正常但在电镜下表现为微丝丛表面膜脱落及细胞萎缩，但这些变化是原发或继发还不清楚总之经组织学超微结构及药物学研究的结果表示失弛缓症的食管已失神经支配病变位于脑干、迷走神经纤维、Auerbach神经丛及肌内神经纤维，但不能澄清原发病灶在何处可能是有弥漫性神经退行性变或向神经毒性物质影响了从脑到肌纤维的所有神经系统。